고케닌 제도는 미나모토노 요리토모(이하 요리토모)가 새롭게 창안한 제도도 아니었고 하늘에서 뚝 떨어진 제도도 아니었습니다. 당시 일본의 무사공동체는 같은 혈족 자제들인 '이에노코(家子)'와 주인 일족과 혈연관계는 없으나 주인 가문에 예속되는 종자들인 '게닌(家人). 로토(郎党), 쇼주(所従)' 등으로 구성되었습니다. 이러한 무사공동체들이 서로 모여 더 큰 단위의 무력집단이 되고 이 무력집단은 종가의 가장이 일족을 대표하여 지휘권을 가지며 필요시 동족 전체가 단결하여 활동하였습니다.
요리토모는 이러한 무사들의 계층조직들을 그대로 흡수하여 고케닌 제도라는 이름으로 정비한 것이었습니다. 쇼군과 고케닌은 서로 계약에 의한 주종관계를 맺고 있었고, 이러한 주종관계를 형성하는 계약은 '고온(御恩)과 호코(奉公)'라 불리었습니다.
고케닌이 쇼군에게 충성서약을 하면 쇼군은 그들을 보호할 의무를 지었습니다. 쇼군은 고케닌이 조상 대대로 차지하고 있던 영지의 점유권을 승인하였고, 새로운 영지를 수여한다던가 영지의 지배권을 둘러싸고 분쟁이 벌어질 경우에는 고케닌을 보호하기도 하였습니다. 또한 고케닌을 슈고나 지토에 임명하기도 하고 조정의 관위에 취임할 수 있도록 천거하기도 하였습니다. 이처럼 쇼군이 고케닌을 보호하고 그들을 구체적으로 보살피는 것을 고온(御恩)이라고 불렀습니다.
고케닌 역시 쇼군의 은혜에 보답하지 않으면 안 되었습니다. 고케닌들이 쇼군에 충성하는 것을 호코(奉公)이라고 불리었습니다. 이 호코의 의무에는 교토나 가마쿠라의 경비를 담당하는 것, 임시의 군역을 부담하는 것, 평시와 전시에 군사적으로 봉사하는 것 등이 있었습니다. 이러한 군사적인 임무 이외에에도 막부나 천황의 궁전 그리고 막부가 지정한 사원 등을 건축하거나 수리하는 것, 대규모 토목공사나 도로 공사 등에 인력과 자금을 부담하는 정기적 혹은 부정기적인 경제적인 의무가 있었습니다. 군사적으로 봉사하는 임무 중 대표적인 것을 뽑으면 이러했습니다.
- 다이리오반(內襄大番) : 교토에 있는 천황의 궁전을 경비하는 것입니다. 천황의 궁전을 경비하는 것은 11세기 경부터 교토 인근의 무사들이나 각 지역의 무사들이 교대로 근무하기도 하였는데 가마쿠라 막부가 성립되면서 고케닌의 의무로써 제도화되었습니다.
- 가마쿠라반야쿠(鎌倉番役) : 1225년에 제도화된 것으로 동부 일본의 무사들에게 부과된 것이었습니다. 막부의 건물을 경비하는 것이었습니다.
- 이코쿠케이고반야쿠(異國警固番役) : 이민족의 침입에 대비하기 위한 군역으로 규슈 북부에 설치된 것이었습니다. 주로 서부 일본의 무사들이 담당하였으며 동부 출신이더라도 서부에 영지를 가지고 있는 무사라면 동원의 대상이어 되었습니다.
